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根據分子、原子都是構成物質的微粒，而元素是指具有相同核電荷數的一類原子的總稱，是一宏觀概念，以游離態存在的鈣應該是金屬鈣單質進行解答；

解答：

解：A、鈣原子構成金屬鈣，金屬鈣是一種非常活潑的金屬，不可能存在于物質中，故A錯誤．

B、物質是由元素組成的，元素是所有具有相同核電荷數的一類原子的總稱，所以習慣上某物質中組成一般指“元素”．

C、分子是保持物質化學性質的最小微粒，而CaCO₃和磷酸氫鈣（CaHPO₄）并不具備鈣分子，理論上也沒有鈣分子的，所以C錯誤；

D、以游離態存在的鈣應該是金屬鈣單質，金屬鈣是一種非常活潑的金屬，不可能以游離態存在，故D錯誤；

故選B