分析：生物進化的證據有化石證據、比較解剖學上的證據、胚胎學上的證據，化石是指保存在巖層中的古生物遺物和生活遺跡；比較解剖學是對各類脊椎動物的器官和系統進行解剖和比較研究的科學，生物進化在比較解剖學上最重要的證據是同源器官；胚胎學是研究動植物的胚胎形成和發育過程的科學，也為生物進化論提供了很重要的證據，如脊椎動物和人的胚胎早期都有鰓裂和尾．說明了脊椎動物和人是從某些古代的低等動物進化來的．自然界中的生物，通過激烈的生存斗爭，適應者生存下來，不適應者被淘汰掉，這就是自然選擇．
解答：解：化石是研究生物進化最重要的、比較全面的證據，化石是由古代生物的遺體、遺物或生活痕跡等，由于某種原因被埋藏在地層中，經過漫長的年代和復雜的變化而形成的．并不是生物的遺體、遺物或生活痕跡就叫化石，研究發現，不同的地層中埋藏著不同類型的生物化石：埋藏于較淺地層中的化石與現代生物結構比較相似，埋藏于較深地層中的化石與現代生物結構差別較大，并且越是古老的地層中發掘的生物化石結構越簡單、低等，水生生物的化石越多；越是晚期的地層中發掘的生物化石結構越復雜、高等，陸生生物化石越多．化石在地層中出現的先后順序，說明了生物的進化歷程和進化趨勢：由簡單到復雜、由低等到高等、由水生到陸生逐漸進化而來的，因此化石是研究進化的主要證據．
達爾文認為，自然選擇過程是一個長期的、緩慢的、連續的過程．由于生存斗爭不斷地進行，因而自然選擇也是不斷地進行，通過一代代的生存環境的選擇作用，物種變異被定向地向著一個方向積累，于是性狀逐漸和原來的祖先不同了，這樣，新的物種就形成了．由于生物所在的環境是多種多樣的，因此，生物適應環境的方式也是多種多樣的，所以，經過自然選擇也就形成了生物界的多樣性． 因此生物進化的主要原因是自然選擇．
故答案為：化石；自然選擇．
點評：理解化石的形成和分布規律以及生物進化的原因是解答的此類題目的關鍵．
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