分析：A、根據分子與原子不能籠統地比較大小判斷．
B、根據物質的結構知識判斷．
C、根據分子與原子的性質判斷．
D、根據化學變化的實質和分子與原子的本質區別判斷．
解答：解：A、分子與原子不能籠統地比較大小，只能說構成某分子的原子比該分子小，所以錯誤．
B、直接構成物質的粒子主要有三種：分子、原子、離子，分子和原子都能構成物質，所以錯誤．
C、分子和原子之間都有間隙，所以錯誤．
D、化學變化的實質是分子破裂成原子，原子再重新組合成新分子，即分子在化學變化中能再分，而原子不能，故原子和分子的根本區別是在化學變化中是否可分，所以正確．
故選D．
點評：本題主要考查分子和原子的知識，理解分子、原子的定義，了解分子、原子的性質及應用，明確二者之間的本質區別，是解題的前提．
